昆山亲子鉴定miniSTR分型在实际应用中也存在一些局限性:
l-因扩增片段长度的限制,昆山亲子鉴定构建复合扩增体系时只能同时扩增较少的基因座(通常每种颜色的荧光标记的基因座一般不超过2个)。要想达到与传统商品化试剂盒相近的个人识别能力,必须增加复合扩增的次数。
2. miniSTR引物与传统STR引物结合区之间若存在碱基的缺失或插入,易导致miniSTR与传统STR分型结果不一致。例如,Dl3S317基因座核心重复序列(TATC)下游24bp处有时会出现(TGTC) 4bp的缺失,miniSTR反向引物位于核心重复区与潜在碱基缺失位置之间,而传统D13S317分型反向引物位于潜在碱基缺失位髓的下游,若待测样本存在4bp缺失,则两者的分型结果会相差1个氟复单位。因此,新设计的miniSTR分型引物必须与传统STR分型进行一致性研究.
3.若某些STR基lfj座核心重复区上游或下游侧翼序列存在嘿呤或嘧啶碱基堆积现象,则不利于miniSTR引物设计。
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